Elle est proche du sentier de grande randonnée (GR 1) auquel elle est reliée par un chemin de randonnée PR qui traverse le village.
La première mention écrite de Butry, qu'on écrivait Butery ou Buthery, se trouve dans un inventaire des biens de l'abbaye Saint-Martin de Pontoise. Le monastère y possède alors la dîme des champs située entre Butry et Hérouville et une grange située au-dessus de Butery, avec les terres et les vignes qui en dépendent. L'abbaye perçoit également, avec le seigneur de Stors, les droits de stationnement et d'amarrage sur le rivage de Stors vis-à-vis de Butry. Le lieu est particulièrement actif et voit transiter de nombreuses marchandises à destination de Paris.
Les droits de dîme sur certaines terres font l'objet d'une convention en novembre 1331 entre l'abbaye Saint-Martin et l'abbaye Saint-Vincent de Senlis.
Le 7 octobre 1783, le prince de Conti revend tous ses domaines dont Butry et Auvers à Monsieur, futur Louis XVIII. En 1790, Butry est rattaché à Auvers, contre la volonté de ses habitants qui demandaient la création d'une commune indépendante.
Le chemin de fer traverse la commune depuis 1846.L'île de Butry disparaît lors du chantier de construction du nouveau pont routier et ferroviaire. Butry devient au xixe siècle et début du xxe siècle un lieu de sortie des Parisiens, offrant guinguettes et activités de canotage. Elle accueille à cette époque Robert de Flers et Aristide Bruant. Une auberge fameuse, le Brochet d'Oise, a vu notamment passer durant les années folles Maurice Chevalier, Cécile Sorel (résidente de Mériel), Mistinguett (venue d'Enghien-les-Bains), Yvonne Printemps (résidente de la commune) et Jean Gabin (attaché à Mériel).
Resté un hameau dépendant d'Auvers-sur-Oise durant 158 ans, elle est devenue une commune indépendante le
3 juillet 1948, la plus jeune de l'actuel Val-d'Oise.